人文學院
中國語言文學系歷史學系哲學系人類學與民族學系
教育部批準設立的研究機構: 廈門大學歷史研究所 、 廈門大學人類學研究所 、 廈門大學中國語言文學研究所 、 人類博物館 、 福建省人文社科重點研究基地 、 人類學研究中心
校批機構: 廈門大學美國史研究所 、 廈門大學哲學研究所 、 廈門大學宗教學研究所 、 廈門大學古籍研究所 、 廈門大學佛學研究中心 、 廈門大學道學與傳統文化研究中心 、 陳嘉庚研究室 、 人文學院教學實驗中心 、 人類博物館 、 魯迅紀念館 、 道學與傳統文化研究中心 、 漢語語言學研究中心 、 戲劇戲曲學與藝術學研究中心 、 東南亞華文文學研究中心 、 中國社會經濟史研究中心 、 海洋考古學研究中心 、 旅游人類學研究中心 、 廈門大學知識論與認知科學研究中心廈門大學文化發展研究院
共建機構: 中國海關史研究中心
省級示范中心(福建)省級考古人類學實驗教學示范中心
新聞傳播學院
: 新聞學系 、 廣告學系 、 傳播學系
校批機構: 廈門大學傳播研究所 、 廈門大學海峽媒體研究中心 、 廈門大學品牌與廣告研究中心 、 廈門大學輿論研究中心 、 廈門大學福建媒體發展研究院 、 廈門大學福建媒體發展與對外傳播協同創新中心
外文學院
系(部)英語語言文學系歐洲語言文學系日本語言文學系法語語言文學系
教學部外語教學部
校批機構廈門大學日本語教育研究中心廈門大學外國語言文學研究所廈門大學口、筆譯資格證書考試中心廈門大學雙語詞典與雙語語言文化研究中心外文學院教學實驗中心歐洲研究中心廈門大學國外考試中心
藝術學院
: 美術系 、 音樂系 、 設計系
校批機構: 藝術研究所 、 中國歐洲藝術中心 、 藝術教育學院教學實驗中心
國學研究院
海外教育學院
系(或相當于系的實體機構)華文系
教育部批準設立的研究機構: 廈門大學海外華文教育研究所
校批機構: 對外漢語遠程教育研究中心 、 日本研究所
國際學院
經濟學院
經濟學系統計系財政系金融系國際經濟與貿易系
教育部批準設立的研究機構廈門大學經濟研究所廈門大學宏觀經濟研究中心
國家級示范中心廈門大學經濟與管理教學實驗中心
國家級虛擬仿真實驗教學中心廈門大學經濟學科虛擬仿真實驗教學中心
省、市共建研究機構: 福建經濟研究中心 (省校共建)
校批機構: 廈門大學人口研究所 、 廈門大學國民經濟與核算研究所 、 廈門大學財政科學研究所 、 廈門大學金融研究所 、 廈門大學社會主義經濟制度研究中心 、 廈門大學特區研究所 、 廈門大學公共財政研究中心 、 廈門大學社會經濟統計研究中心 、 廈門大學證券研究中心 、 廈門大學澳大利亞研究中心 、 廈門大學WTO研究中心 、 廈門大學評估研究中心 、 廈門大學興業銀行金融創新研究中心 、 廈門大學勞動經濟研究中心 、 廈門大學康乃爾合作中心廈門大學中國能源經濟研究中心廈門大學世界經濟研究中心廈門大學水科技與政策研究中心
王亞南經濟研究院
教育部重點實驗室計量經濟學教育部重點實驗室(廈門大學)
國家級虛擬仿真實驗教學中心廈門大學經濟學科虛擬仿真實驗教學中心
福建省重點實驗室福建省統計科學重點實驗室(廈門大學)
校批機構: 計量經濟學研究中心 、 金融研究中心 、 中國勞動經濟學與社會保障研究中心 、 中國宏觀經濟研究中心 、 政治經濟學研究中心 、 現代統計學研究中心 、 SAS計量經濟學合作中心 、 實驗經濟金融實驗室
管理學院
系(或相當于系的實體機構)會計學系企業管理系 、 管理科學系 、 旅游與酒店管理系工商管理教育中心(MBA中心)高級經理教育中心(EMBA項目) 、 廈門大學與廈門國家會計學院會計碩士專業學位聯合教育中心 、 物流與項目管理工程碩士教育中心財務學系市場學系
教育部批準設立會計發展研究中心
校批機構: 人力資源研究所 、 現代管理科學研究所 、 會計研究所 、 管理學院教學實驗中心
財務管理與會計研究院
法學院
教育中心: 廈門大學法律碩士教育中心
校批機構: 國際經濟法研究所 、 海洋政策與法律中心 、 民商法研究所 、 世界貿易組織(WTO)研究中心 、 法學院教學實驗中心
廈門大學知識產權研究院
廈門國際法高等研究院
公共事務學院
系(或相當于系的實體機構): 政治學系 、 公共管理系 、 社會學系公共管理教育中心(MPA中心)
共建機構: 國家農村社會保險研究中心(勞動與社會保障部委托) 、 婦女/性別研究與培訓基地(全國婦聯共建) 、 福建女性發展研究中心(省校共建)
校批機構: 廈門大學政治學與行政學研究所 、 廈門大學公共管理與政策分析研究中心 、 廈門大學社會發展研究中心 、 公共事務學院教學實驗中心 、 廈門大學政府績效管理研究中心廈門大學新西蘭研究中心
公共政策研究院
系(或相當于系的實體機構): 人口與生態研究所 、 心理學研究所
福建省批準設立的研究機構: 公共政策與地方治理協同創新中心(“省級2011協同創新中心”) 、 廈門大學公共政策與政府治理研究中心(“福建省文科重點研究基地”) 、 廈門大學公共服務質量研究中心 (“福建省社會科學研究基地”)
校批機構: 廈門大學區域發展政策研究所 、 廈門大學社會管理創新研究中心
馬克思主義學院
國際關系學院
教育部批準設立的研究機構東南亞研究中心 、 (中國)廈門大學馬來西亞研究所
教育研究院
教學部: 教育學公共教學部 、 教師教育部
教育部批準設立的研究機構廈門大學高等教育科學研究所廈門大學高等教育發展研究中心
校批機構廈門大學考試研究中心廈門大學高等教育質量與評估研究所廈門大學中外合作辦學研究中心
臺灣研究院
教育部批準設立的研究機構廈門大學臺灣研究中心
南洋研究院
教育部批準設立的研究機構東南亞研究中心 、 (中國)廈門大學馬來西亞研究所
海峽兩岸發展研究院
體育教學部
校批機構廈門大學國術與健身研究中心
繼續教育學院
機構網絡教育、成人教育職業技術教育
南海研究院
社會與人類學院
數學科學學院
: 數學與應用數學系 、 信息與計算數學系 、 概率與數理統計系
教學部: 廈門大學公共數學教學部
校批機構: 廈門大學數學研究所 、 廈門大學精算學研究中心 、 數學科學學院計算科學實驗中心
物理科學與技術學院
系(或相當于系的實體機構)物理學系天文學系 、 生物仿生及軟物質研究院 、 電磁聲學研究院
教育部批準設立的研究機構: 微納光電子材料與器件教育部工程研究中心 、 柔性物質研究及應用創新引智基地
福建省批準設立的研究機構: 福建省半導體光電材料及其高效轉換器件協同創新中心 、 福建省柔性功能材料重點實驗室 、 福建省LED照明與顯示行業技術開發基地 、 福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室 、 福建省半導體材料及應用重點實驗室 、 福建省半導體照明工程技術研究中心
廈門市批準設立的研究機構: 廈門市光電信息材料與器件工程技術研究中心
校批機構: 廈門大學理論物理與天體物理研究所 、 廈門大學電子技術研究所 、 廈門大學半導體光子學研究中心 、 中國-澳大利亞功能納米材料聯合實驗室
化學化工學院
: 化學系 、 化學工程與生物工程系化學生物學系
國家重點實驗室固體表面物理化學國家重點實驗室(廈門大學)
國家工程實驗室醇醚酯化工清潔生產國家工程實驗室(廈門大學) 、 新能源汽車動力電源技術國家地方聯合工程實驗室(廈門大學)
教育部批準設立的研究機構能源材料化學協同創新中心(廈門大學、復旦大學、中國科學技術大學、中國科學院大連化學研究所)譜學分析與儀器教育部重點實驗室電化學技術教育部工程研究中心教育部物理化學研究所
國家級示范中心國家級化學實驗教學示范中心
福建省批準設立的研究機構福建省化學生物學重點實驗室 、 福建省理論與計算化學重點實驗室 、 福建省電化學工程技術研究中心 、 福建省納米制備技術工程研究中心 、 福建省新能源汽車動力電池及儲能關鍵材料工程實驗室 、 福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室 、 福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室 、 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地 、 福建省電鍍及表面處理行業技術開發基地
廈門市批準設立的研究機構廈門市分子納米技術與分析科學重點實驗室 、 廈門市合成生物技術重點實驗室
校批機構理論化學研究中心納米科技中心 、 化學電源研究中心
信息科學與技術學院
計算機科學系智能科學與技術系通信工程系網絡空間安全系
教育部批準設立的機構水聲通信與海洋信息技術教育部重點實驗室 、 電子信息國家級實驗教學示范中心
福建省批準設立的研究機構海西工業技術研究院通信工程技術中心 、 福建省無線通信接入工程中心 、 智能信息技術福建省高校重點實驗室 、 福建省電子與通信工程實驗教學中心 、 福建省智慧城市感知與計算重點實驗室 、 福建省海西衛星導航定位技術協同創新中心 、 數字福建物聯通信和體系架構安全技術重點實驗室 、 數字福建健康醫療大數據研究所 、 數字福建城市交通大數據研究所
市級實驗室或工程中心: 廈門衛星導航研發中試基地 、 廈門市無線通信工程技術研究中心 、 廈門市空間感知與計算重點實驗室
校批機構: 廈門大學語言技術中心 、 廈門大學數字醫療技術研發中心 、 廈門大學模式分析與機器智能研究中心 、 廈門大學云計算與大數據研究中心
共建機構廈門大學智能圖像與信息處理研究室 、 廈門大學-美亞柏科網絡信息安全聯合實驗室
軟件學院
校批機構: 廈門大學軟件研究與開發中心 、 軟件學院教學實驗中心
材料學院
材料科學與工程系生物材料系
福建省批準設立的研究機構: 福建省特種先進材料重點實驗室 、 福建省特種陶瓷重點實驗室 、 福建省生物醫學工程重點實驗室
市級實驗室或工程中心: 廈門市高性能金屬材料重點實驗室 、 廈門市防火助燃材料重點實驗室 、 廈門市生物醫學工程技術研究中心
校批機構: 特種先進材料實驗室 、 材料設計與應用工程研究中心生物醫學工程研究中心 、 膜技術應用與推廣中心 、 廈門大學生物仿生及軟物質研究院
共建機構: 中國一航-廈門大學特種先進材料研究中心 、 廈門大學-日本東北大學材料設計聯合實驗室
建筑與土木工程學院
建筑系土木工程系城市規劃系
校批機構: 建筑與土木工程學院教學實驗中心
能源學院
校批機構能源研究院
福建省批準設立的研究機構福建省新能源產業技術開發基地
薩本棟微米納米科學技術研究院
校批機構微機電中心 、 光子學中心
航空航天學院
飛行器系動力工程系機電工程系儀器與電氣系自動化系
校批機構工程技術中心航空航天教育培訓中心
電子科學與技術學院(國家示范性微電子學院)
電子工程系電子科學系
校批機構廈門大學電磁聲學研究院
生命科學學院
: 生物學系 、 生物化學與生物技術系 、 生物醫學科學系 、 農業生物技術系
國家重點實驗室細胞應激生物學國家重點實驗室
國家工程中心國家傳染病診斷試劑與疫苗工程技術研究中心
國家級教學示范中心生命科學學院實驗教學中心
教育部重點實驗室濱海濕地生態系統教育部重點實驗室
教育部批準設立的研究機構分子診斷工程研究中心 、 教育部寄生動物學研究室(廈門大學)
國家地方聯合工程實驗室天然產物源靶向藥物國家地方聯合工程實驗室
福建省批準設立的研究機構: 福建省醫學分子病毒研究中心 、 福建省藥物工程實驗室
廈門市批準設立的研究機構: 廈門市醫學分子病毒研究中心 、 廈門市海洋微生物新藥工程技術研究中心 、 廈門市植物遺傳重點實驗室
校批機構廈門大學實驗動物中心
藥學院
: 藥學系
共建機構: 兩岸關系和平發展協同創新中心
教育部批準設立的研究機構: 教育部“核受體腫瘤分子靶點與藥物開發”創新團隊
福建省批準設立的研究機構: 福建省藥學人才培養創新實驗區 、 福建省藥學實驗教學示范中心
廈門市批準設立的研究機構: 海洋活性物質功能、質量和安全性評價技術平臺 、 廈門化學創新藥研發平臺 、 廈門市代謝性疾病重點實驗室 、 廈門市手性藥物重點實驗室 、 廈門市瘤細胞與分子診療重點實驗室 、 廈門生物醫藥協同創新中心 、 廈門市靶點新藥工程技術研究中心 、 廈門市林下中藥資源工程技術研究中心 、 廈門化學創新藥研發重大平臺(技術支撐單位)
醫學院
: 臨床醫學系 、 中醫學系 、 護理學系 、 眼視光系
教學部: 基礎醫學部
福建省批準設立的研究機構: 福建省眼科與視覺科學重點實驗室 、 福建省神經退行性疾病及衰老研究重點實驗室 、 福建省抗癌研究中心 、 福建省基礎醫學實驗教學示范中心 、 福建省藥學實驗教學示范中心
廈門市批準設立的研究機構: 海峽(廈門)中醫藥科技平臺 、 廈門市手性藥物重點實驗室
校批機構: 廈門大學眼科研究所 、 廈門大學消化疾病研究所 、 廈門大學器官移植研究所 、 廈門大學附屬中山醫院 、 廈門大學附屬東南醫院 、 廈門大學附屬廈門眼科中心 、 廈門大學附屬東方醫院 、 廈門大學附屬第一醫院 、 廈門大學附屬成功醫院 、 醫學院教學實驗中心 、 中醫藥研究中心
生物醫學研究院
海洋與地球學院
: 海洋生物科學與技術系 、 海洋化學與地球化學系 、 物理海洋學系 、 應用海洋物理與工程系 、 地質海洋學系
國家重點實驗室近海海洋環境科學國家重點實驗室(廈門大學)
國家工程實驗室海洋生物制備技術國家地方聯合工程實驗室
教育部批準設立的研究機構水聲通信與海洋信息技術教育部重點實驗室 、 廈門大學亞熱帶海洋研究所
國家級示范中心海洋環境科學實驗教學中心
國家級人才培養基地: 海洋科學國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地
福建省批準設立的研究機構福建省海洋生物資源開發利用協同創新中心 、 福建省高校海洋化學與應用技術重點實驗室 、 福建省高校海洋生物資源開發與保護重點實驗室
廈門市批準設立的研究機構: 廈門市海灣生態保護與修復重點實驗室
校批機構: 廈門大學海洋觀測技術研發中心 、 廈門大學海洋生物多樣性與全球變化實驗室廈門大學海洋微型生物與地球圈層研究所
支撐體系廈門大學海洋科學綜合考察船 、 廈門大學東山臨海實驗與觀測站 、 海洋酸化影響研究中水量實驗平臺
環境與生態學院
環境科學系生態學系環境與生態工程系
國家重點實驗室近海海洋環境科學國家重點實驗室
教育部批準設立的研究機構濱海濕地生態系統教育部重點實驗室
福建省批準設立的研究機構福建省海陸界面生態環境重點實驗室 、 福建省濱海濕地保護與生態恢復工程技術研究中心
校批機構: 環境科學研究中心
海洋與海岸帶發展研究院
共建機構廈門海岸帶可持續發展國際培訓中心
廈門大學(深圳)研究院
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